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Template Quantity. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5
Guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-6
Preparing the Reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-6
Thermal Cycling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-9
4 Optimizing Primer Concentrations
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
About This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
In This Chapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Optimizing Primer Concentrations for PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Optimizing Primer Concentrations for PCR. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
PCR Master Mix for Primer Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-3
Thermal Cycling Parameters for Primer Optimization. . . . . . . . . . . . 4-4
Confirm the Absence of Nonspecific Amplification . . . . . . . . . . . . . 4-4
Optimizing Primer Concentrations for One-Step RT-PCR . . . . . . . . . . . . . . 4-5
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
Reducing Nonspecific Amplification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
Optimizing Primer Concentrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
One-Step RT-PCR Master Mix for Primer Optimization . . . . . . . . . . 4-6
Confirm the Absence of Nonspecific Amplification . . . . . . . . . . . . . 4-8
Optimizing Primer Concentrations for Two-Step RT-PCR . . . . . . . . . . . . . . 4-9
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-9
Optimizing Primer Concentrations for Two-Step RT-PCR. . . . . . . . . 4-9
Two-Step RT-PCR Master Mix for Primer Optimization . . . . . . . . . 4-10
Confirm the Absence of Nonspecific Amplification . . . . . . . . . . . . 4-11
5 Data Analysis
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
About This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
In This Chapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
Absolute and Relative Quantitation of Target DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2
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